20181101-TogoDB-RDFpdf
20181101-TogoDB-RDFpdf
Page 1 of 260
Katayama Toshiaki shared this file. Want to do more with it?
  1. 第3回RDF講習会TogoDBを利用した、データのRDF化片山俊明 <ktym@dbcls.jp> http://jp.linkedin.com/in/toshiakikatayama ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS), データサイエンス共同利用基盤施設,大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 (ROIS) 2018/11/1 @ JST, Tokyohttp://tinyurl.com/togodb-2018-slides
  2. http://togodb.org/entry/yourdb/123TogoDB Create your DB in 5minconfiguredeployuploadendpointTogoDB - 表形式のデータから高機能DBを構築外部URL CSVファイルDBごとに汎用のオントロジー管理RDF生成SPARQL検索分散REST検索→ AtomHTML, CSS, JSカスタマイズhttp://togodb.org/sparql/yourdbhttp://togodb.org/search/yourdb/queryhttp://togodb.org/db/yourdb?column=/regexp/
  3. •TogoDB - ユーザのデータを受け入れて DB 化、RDF 化•知識やデータは論文の中に埋まっているが表やサプリメントデータは再利用されにくい•TogoDB では表形式のデータをアップロードするだけで高機能 DB を簡単に公開できます•TogoDB の特徴•手軽に DB を作って公開したい?→表形式のデータを簡単に DB 化•共同研究者や公開時期を調整したい?→アクセス権や公開・非公開を設定•見た目や作り込みにもこだわり?→ HTML/CSS/JS を柔軟にカスタマイズ•中身の分からない DB が多すぎる?→最初から中が見えているデータベース•検索機能が貧弱でうまく絞り込めない?→正規表現を含む豊富な検索オプション•大量のデータを見るのに一苦労?→矢印キーで効率的な結果のブラウジング•プログラムから処理したい?→ Open Search 対応 REST API と JSON 出力•オントロジーやメタデータを追加してRDFを自動生成、SPRAQL検索にも対応http://togodb.org TogoDB - あなたのデータをDB化・RDF化
  4. TogoDB による DB 構築と RDF対応の流れ1.DBCLSのOpenIDでログイン2.DB構築開始→DB名入力3.Uploadデータを選択(CSV, TSV形式)4.テーブルのヘッダー行を指定5.カラムのラベルやデータ型を指定6.Data Import, Create database実行7.リンクの指定, デザインのカスタマイズ, OWL編集機能でオントロジーを設定8.公開(公開範囲の限定など)9.DB及びレコードの閲覧,追加,編集10.CSVに加えRDFやJSONでのデータ配布SPARQLによるRDF検索
  5. •元データを表形式で作る•http://tinyurl.com/togodb-genomebento 表形式のデータを用意する山口情報芸術センター (YCAM) バイオリサーチプロジェクトと共同開発
  6. •TogoDB にログイン•http://openid.dbcls.jp/ でアカウントを作成•http://togodb.org/ もしくは•最新版 http://dev.togodb.org/ にログインCreate new DB
  7. •データベース名を設定•すでにTogoDBにあるデータベース名と同じものは使えませんTogoDBのデータベース構築
  8. •データのアップロード•ローカルの CSV もしくは TSV ファイル•リモートの CSV もしくは TSV ファイルの URL TogoDBのデータベース構築
  9. •タイトル行(1行目)をカラム名として扱うかどうかTogoDBのデータベース構築
  10. •カラムの設定•インポートするカラムの選択•カラム名の編集•カラムラベルの編集•データ型の指定TogoDBのデータベース構築
  11. •完了!→設定画面へTogoDBのデータベース構築
  12. •公開(SPARQL検索には必須)、Metadataの記載も推奨(あとでもよい)TogoDBのデータベース構築
We use cookies to provide, improve, protect and promote our services. Visit our Privacy Policy and Privacy Policy FAQs to learn more. You can manage your personal preferences, including your ‘Do not sell or share my personal data to third parties’ setting using the “Customize cookies” button below.